ต่อมาสำนักงานเจ้าท่าภูมิภาคสาขาพังงา ออกประกาศห้ามใช้เรือที่มีสภาพไม่ปลอดภัยหรือมีสภาพไม่เหมาะสมกับการใช้งานและออกคำสั่งให้กู้ รื้อ ทำลายเรือที่จมลงดังกล่าว นั้น
เมื่อ 16 มิ.ย. ทัพเรือภาคที่ 3 และ ศูนย์อำนวยการรักษาผลประโยชน์ของชาติทางทะเล ภาค 3 (ศรชล.ภาค 3) ได้ดำเนินการจัดการประชุมติดตามความก้าวหน้าการดำเนินการกู้เรือ และกำหนดแนวทางการฟื้นฟูแนวปะการังที่เสียหาย ร่วมกับหน่วยงานที่เกี่ยวข้องประกอบด้วย จังหวัดพังงา อุทยานแห่งชาติหมู่เกาะสุรินทร์ สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาคสาขาพังงา มูลนิธิอนุรักษ์แนวปะการังและสิ่งมีชีวิตใต้ทะเลไทยในสมเด็จพระเจ้าลูกเธอเจ้าฟ้าสิริวัณณวลี นารีรัตน์ราชกัญญา โดยสรุปผลการประชุมดังนี้
1. สถานภาพของเรือ MV.AYAR LINN ปัจจุบันอยู่ในลักษณะอับปาง ตัวเรือจมนั่งแท่นทับอยู่หินปะการัง ด้วยน้ำหนักปูนถุงที่บรรทุกมาภายในเรือจำนวนประมาณ 3,000 ถุง ซึ่งอุทยานแห่งชาติหมู่เกาะสุรินทร์ได้ร่วมกับ หน่วยรักษาความปลอดภัยทางทะเล กองทัพเรือ เกาะสุรินทร์ และชาวมอแกน (ชนพื้นเมือง) ขนย้ายถุงปูนดังกล่าว และพยายามสร้างแรงพยุงเรือด้วยบอลลูนถังน้ำมัน 200 ลิตรจำนวนหลายถัง แต่ยังไม่สามารถเคลื่อนย้ายเรือดังกล่าวได้
2. อุทยานแห่งชาติหมู่เกาะสุรินทร์ได้ร่วมกับนักวิชาการจากมหาวิทยาลัยราชภัฏจังหวัดภูเก็ต ดำน้ำสำรวจความเสียหายซึ่งมีความเสียหายเป็นแนวยาวประมาณ 75 เมตร สรุปดังนี้
2.1 ปะการังสีน้ำเงิน (Porites lutea): ได้รับความเสียหายมากที่สุด ประมาณร้อย 80 ของที่มีอยู่ในพื้นที่ ซึ่งปะการังชนิดนี้เติบโตช้ามาก (0.5 ซม./ปี) และฟื้นตัวตามธรรมชาติใช้เวลานาน (4-7 ปี)
2.2 ปะการังเขากวาง เสียหายประมาณร้อยละ 15 ของที่มีอยู่ในพื้นที่
2.3 ปะการังโชติเสียหายประมาณร้อยละ 15 ของที่มีอยู่ในพื้นที่
2.4 ปะการังสมองร่องสาร ปะการังดอกกะหล่ำ และปะการังดาวเหลี่ยมเสียหายน้อย
3. ที่ประชุมมีมติให้เร่งรัดการกู้เรือขึ้นไปเกยบริเวณชายหาดที่ใกล้เคียงไม่มีปะการังโดยเร็วที่สุด เมื่อกู้เรือเรียบร้อยจะร่วมกันสำรวจความเสียหายอีกครั้งและปลูกปะการังทดแทนในส่วนที่สามารถดำเนินการได้ และพิจารณาดำเนินการจัดทำโครงการปลูกปะการังสีน้ำเงินซึ่งเติบโตช้ามาก และการฟื้นตัวตามธรรมชาติใช้เวลานานต่อไป
การดำเนินการต่อไป ทัพเรือภาคที่ 3 และ ศูนย์อำนวยการรักษาผลประโยชน์ของชาติทางทะเล (ศรชล.ภาค 3) ได้จัดชุดกู้เรือเดินทางไปให้การสนับสนุน อุทยานแห่งชาติหมู่เกาะสุรินทร์ ในการขนย้ายถุงปูนและกู้เรือไปไว้บริเวณที่เหมาะสม ระหว่างวันที่ 18 - 20 มิ.ย.68 ซึ่งประกอบด้วย ร.ล.มันนอก ชุดปฏิบัติการพิเศษจาก กองเรือปฏิบัติการ ทัพเรือภาคที่ 3 และ จนท.ประดาน้ำ จำนวน 1 ชุด และ กำลังพลจากหน่วยขึ้นการบังคับบัญชาทางยุทธการ จำนวน 50 นาย จาก กองพันต่อสู้อากาศยานที่ 22 ฯ และ กองพันรักษาฝั่งที่ 11 ฯ
